食管超声内镜检查的缺点是不能完整显示食管的病变，检查时不能发现早期的食管癌或食管良性增生等情况，无法与正常组织区分。此外，由于食管内超声探头无法伸入，因此不能明确其位置、长度。

1、完整显示食管：由于食管超声内镜是将内镜探头伸入食管腔，因此不能完整显示食管的病变，如早期的食管癌、食管憩室或食管炎等;

2、无法完整显示食管：部分情况下早期食管癌在内镜下表现不典型，如食管下段肿瘤或贲门癌在内镜下表现为平坦型，而部分患者可能出现食管壁增厚，也不能完全显示病变;

3、无法明确其位置：部分患者由于体位的问题，如食管比较僵硬或者食管有异物，在内镜进入食管的过程中可能会导致病变的位置无法明确，同时也不能明确病变的长度;

4、无法明确其性质：如贲门部肿瘤由于病变较大，通过内镜检查可能无法明确其性质，而对于食管中段的病变或者弥漫性病变，也不能完全显示病变的范围。

除上述缺点外，由于食管超声内镜检查是将整个探头伸入食管，因此在检查过程中患者会出现恶心、呕吐等症状。而且由于内镜的观察视野较小，也不能明确其位置或者病变的深度。当存在疑似病变时，最好进一步进行CT、核磁共振等检查以明确诊断。