两个部位做超声检查有可能会疼，由于检查方式不同，疼痛的程度也会存在一定差异，通常包括经腹部超声检查、经阴道超声检查、经直肠超声检查。

1、经腹部超声检查：经腹部超声检查是通过B超探头放在腹部，在移动探头的过程中会产生一定的震动，会刺激腹壁神经，因此会出现疼痛感，但是疼痛并不会特别剧烈，通常可以忍受。如果患者本身存在胆囊炎、胆结石等疾病，可能会出现轻微的疼痛，但胆囊、胆道疾病造成的疼痛会比较剧烈;

2、经阴道超声检查：经阴道超声检查是将探头放入阴道内进行超声诊断，由于阴道离盆腔脏器较近，探头距离盆腔脏器更近，因此引起的疼痛可能会比较小，但如果存在盆腔炎、子宫内膜异位症或者阴道炎症等，在做阴道超声检查时也可能会出现疼痛;

3、经直肠超声检查：经直肠超声检查是通过探头从肛门伸进直肠内，在体内进行超声波扫描，由于探头比较细小，一般不会引起明显的疼痛，如果存在肛瘘、慢性溃疡性结肠炎、直肠息肉等疾病，在做该检查时可能会出现疼痛。

患者需要根据医生建议选择合适的检查方式，无论是经腹部超声检查还是经阴道超声检查，超声检查前应避免吃东西，以保证检查结果的准确性。