大排畸和系统超声检查均为排畸检查，通常称为大排畸，主要用于孕期的产前筛查，可对胎儿是否畸形进行初步判断，对于染色体异常、先天性心脏病、神经系统畸形、腹壁缺陷、内脏缺如、唇腭裂等疾病的筛查具有重要意义。两者的区别主要包括检查时间、难度、检查费用及检查效果等方面。

1、检查时间：大排畸通常在孕20-24周进行，时间相对较长，不必空腹进行。而系统超声检查通常在孕6-8周进行，不需要空腹;

2、难度：大排畸检查需要的时间相对较长，不易被发现，通常需要孕妇主动配合医生进行。而系统超声检查无需孕妇主动配合，通常在检查前可以适当吃甜食，有助于提高胎儿兴奋性，便于医生较好地观察胎儿情况，通常在检查过程中无需特殊准备;

3、检查费用：大排畸检查费用相对较高，通常在200-400元。而系统超声检查费用相对较低，一般在100-200元;

4、检查效果：大排畸检查结果相对比较粗糙，观察图像时存在一定缺漏，而系统超声检查可以直接观察图像，不存在缺漏，通常检查效果比较好。

此外，孕妇可根据自身情况进行选择，通常建议在孕22-26周进行大排畸检查，存在遗传病或先天性疾病的孕妇则可选择系统超声检查。