超声内镜检查疼，可能是由于患者对疼痛比较敏感，不能耐受检查所引起，也可能是因为患者本身患有胃部疾病、胆道疾病、胰腺疾病导致。建议根据不同的病因，在医生的指导下进行治疗。

1、患者对疼痛比较敏感：超声内镜是指在内镜检查时，在内镜头端装有微型摄像头，通过口腔、食管、胃、十二指肠，以及结肠等器官后，对病变进行检查的一种检查方式。由于检查时需要将病变组织切除、刮取后进行病理检查，因此会对病变部位造成一定的损伤，如果患者对疼痛比较敏感，可能会出现超声内镜检查疼的情况。此时建议在检查时尽量放松心情，不要过于紧张，可以在检查前适当涂抹利多卡因凝胶麻醉，从而缓解疼痛;

2、胃部疾病：若患者本身患有胃部疾病，如胃炎、胃溃疡等，由于胃黏膜本身存在损伤，若此时进行超声内镜检查，可能会加重胃黏膜损伤，引起疼痛加重的情况。此时建议在医生指导下，服用奥美拉唑肠溶胶囊、枸橼酸铋钾片等药物进行治疗;

3、胆道疾病：超声内镜检查可以明确胆道是否有结石、肿瘤等疾病，若患者本身患有胆道疾病，由于局部神经较为丰富，在进行超声内镜检查时，可能会出现疼痛感。此时建议在医生指导下，服用消炎利胆片等药物治疗，若病情较为严重，可以遵医嘱通过手术取出结石或者切除病变组织;

4、胰腺疾病：如果患者本身患有胰腺疾病，如胰腺炎等，由于胰腺组织受损，在进行超声内镜检查时，也会出现疼痛症状。此时建议遵医嘱禁食、禁水，进行静脉营养支持治疗，可以有效缓解疼痛。