超声内镜检查多在消化科、胃肠外科、肝胆外科进行，所以不同科室都可以进行超声内镜检查，但通常情况下会选择在消化科进行超声内镜检查。超声内镜是一种新的医学影像技术，能通过内镜将消化道内的情况成像反映到体内，医生可以通过观察内镜下的病变，从而判断病变的起源位置，以及病变的严重程度。

1、消化科：如果患者出现上腹不适、腹痛、腹胀、反酸、嗳气等症状，可以到消化科进行超声内镜检查，观察胃、食管、十二指肠等消化道有无病变;

2、胃肠外科：如果患者出现上腹疼痛、饱胀感、嗳气、反酸等症状，可以到胃肠外科进行超声内镜检查，明确是否有胃肠道的器质性病变;

3、肝胆外科：如果患者有胆道系统的结石、肿瘤等病变，可以在肝胆外科就诊，通过超声内镜可以观察到病变的范围、大小以及形态。

此外，超声内镜技术还可以应用于食管、肛门、胰腺等上消化道的狭窄、扩张等疾病的诊疗中，由于上述器官离消化科较近，所以也可以到上述科室进行检查。另外，超声内镜技术还有气囊辅助超声内镜等多种应用形式，可以根据患者的病情选择合适的检查方式。