孕12周检查超声胎儿位置不对，有可能是胎儿位置因素、胎儿发育不全、胎儿畸形引起，需要针对具体情况，采取观察、用药、手术等方法处理。

1、胎儿位置因素：胎儿在子宫内胎位不固定，可能在孕12周的时候，胎儿在子宫内的位置不正确，就会出现孕12周检查胎儿位置不对的情况。但是随着胎儿发育，胎位会自行调整，建议定期复查;

2、胎儿发育不全：如果孕妇有病毒感染、营养不良、精子或卵子质量不好等情况，可能会影响胎儿发育，导致发育不全，出现孕12周检查超声胎儿位置不对的情况。若确定胎儿发育不全，就需要尽快遵医嘱用药保胎，如口服黄体酮软胶囊或者地屈孕酮片;

3、胎儿畸形：如果胎儿存在先天性心脏病等畸形，就可能会引起孕周偏小，导致孕12周检查超声胎儿位置不对。这种情况下通常没有良好的治疗方法，建议产妇定期复查，若畸形比较严重，则需终止妊娠;

4、其他原因：在怀孕期间，若检查操作不当，可能会导致超声测量的胎儿位置不准确，出现孕12周检查超声胎儿位置不对的情况。若确定是这种原因引起，建议产妇再次进行复查，若确定是这种原因导致，应注意休息，并遵医嘱治疗。