食管内镜超声检查痛苦，主要原因为检查时胃镜经口腔进入食管，患者会出现恶心、呕吐等症状。此外，如果患者配合度较差、检查方式不当，也会出现痛苦的情况。

1、胃镜经口腔进入：患者经口腔进入食管时，会刺激舌根及咽后壁，出现恶心、呕吐等症状。如果患者配合度较差，不能完全暴露食管，或患者存在进食过多、过快等情况时，可能会导致食管扩张，或由于食物滞留于食管内，导致患者出现恶心、呕吐、反酸、烧心等症状，从而产生痛苦，此时可以提前口服局麻药物进行麻醉，可以减轻患者的不适感;

2、经食管超声检查：经食管超声检查是从患者的食管入口进行超声扫描，可以观察到整个食管，相对比较清晰。患者进行经食管超声检查时，可能会出现一定的不适感，但一般可以忍受;

3、胃镜检查：如果患者不愿意经口腔或者经食管超声检查，也可以通过胃镜进行检查。胃镜检查时会将一根柔软的可视导管通过口腔伸入胃中，医生可以观察食管、胃、十二指肠球部和降部黏膜的情况，还可以取组织做活检、息肉摘除术等，此时进行麻醉会出现痛苦感，但可以选择局部麻醉;

4、其他方面：如果患者对于疼痛较为敏感时，可以在检查前使用镇静类药物，如地西泮等，使其保持安静，从而缓解检查时的不适感。

在进行食管内镜超声检查前，患者需要适当饮水，使胃肠道保持充盈状态。在检查过程中，如果发现病变还需要取活检时，应提前安抚患者情绪，避免过于紧张。