超声内镜检查主要应用于食管、胃、小肠、结肠等消化道，可检查出微小病变，常用于占位性病变的初步诊断，所以通常可以挂消化内科。部分医院也可进行超声内镜下穿刺，主要应用于胃癌，所以也可以挂胃肠外科、肿瘤科等。

1、消化内科：患者可根据医嘱，选择超声内镜检查胃、食管、小肠、结肠等消化道病变，通常可明确病变的部位、大小、形态、表面光滑度、活动度等，协助明确诊断，协助进行下一步治疗。此外，超声内镜检查也可对不明原因的出血疾病，进行明确诊断，并协助进行下一步治疗;

2、胃肠外科：如果患者就诊的医院只有消化内科，或者没有细化成熟胃镜的医院，可以选择超声内镜检查。因为胃镜是检查上消化道病变的最佳方式，而超声内镜可直接在胃镜的引导下，通过胃肠道进入到病变部位，能够清晰地显示病变部位以及病变大小、形态等，所以可通过此检查明确诊断胃癌等疾病;

3、肿瘤科：如果患者就诊的医院中有肿瘤科，或者是有其他相关科室，超声内镜技术也可应用于此类疾病的诊断和治疗之中;

4、其他：超声内镜也可应用于食管、结肠等上消化道器官病变的治疗中，比如炎症、息肉、溃疡等。

此外，超声内镜也可对不明原因的肿块进行检查，可直观地显示病变的位置、大小，以及病变范围等，所以可根据患者情况选择合适的科室进行检查。