超声内镜检查一般不会很痛，因为超声内镜是无创检查，患者一般不会感觉到痛苦，医生会根据患者的具体情况让患者进行配合检查。超声内镜是一种新型的消化内镜，其较多功能主要用于胃肠道、食管、小肠等上消化道的疾病的诊断。

1、胃肠道疾病：如食管、胃、十二指肠等部位的疾病，可通过超声内镜进行检查，可以较为清晰地显示病变部位、病理改变、病情严重程度等。由于没有传统内镜检查那么直观，所以一般不会很痛苦，但可能会有恶心、呕吐等不适症状;

2、食管疾病：如食管狭窄、食管憩室、食管肿瘤等疾病，可通过超声内镜进行检查。由于是在直视下进行检查，所以一般不会出现很痛苦的症状，但可能会有恶心、呕吐等不适症状;

3、胃肠道疾病：如溃疡性结肠炎、克罗恩病等疾病，可通过超声内镜进行检查。溃疡性结肠炎等病变可在病变处出现黏膜充血、水肿、糜烂等表现，还可观察到病变部位的肠管。克罗恩病等疾病可在病变处出现特征性肉芽肿影，超声内镜对病变的观察更为清晰。这类疾病治疗时通常会应用药物治疗，有时也会应用超声内镜进行治疗，所以患者一般不会感到痛苦;

4、小肠疾病：如小肠溃疡、小肠套叠等疾病，可通过超声内镜进行检查。小肠溃疡患者可见肠壁水肿、节段性、跳动性改变等，而小肠套叠患者可见肠壁光滑、完整性，但由于病变部位肠管不规则蠕动，所以可能会出现腹痛症状。

此外，超声内镜技术还可用于对不明原因的肿瘤、息肉等进行检查，是比较先进的一种检查手段，通常不会带来痛苦。