超声内镜检查多在消化科、胃肠外科、肝胆外科等科室进行，但不同医院内科室设置存在区别，包括内科、外科、肛肠科、急诊科、肿瘤科等，建议咨询相关医院确定科室后再进行检查。

1、消化科：主要进行胃镜、肠镜等内镜检查，可以观察到食管、胃、肠等消化道有无病变，有无炎症、糜烂等情况。还可以进行超声内镜引导下的病理活检、超声介入治疗等，可以较为清晰地显示病变部位、病理形态变化等;

2、胃肠外科：主要进行手术治疗，例如胃息肉切除术、胃癌根治术、结肠癌根治术等，可以较为直观地切除病变部位;

3、肝胆外科：肝胆外科主要进行手术治疗，例如肝囊肿、肝癌、胆囊结石、肝硬化等疾病的外科治疗，可以较为直观地观察病变部位。

此外，超声内镜技术还可应用于食管、肛门等部位，可以较为清晰地显示病变部位，而且对患者身体损伤较小。部分医院还有肛肠科，主要进行肛肠疾病的诊断和治疗，例如痔疮、肛裂、肛周脓肿、肛瘘等。

超声内镜检查前需要提前做好准备，包括饮食调理、大小便准备等，而且检查时需要保持空腹状态，以免进食影响检查结果或者诱发呕吐等不适症状。