超声检查药流三天后孕囊还在，通常是由于药流不全导致，需要及时进行清宫手术，以免对身体造成不良影响，影响以后怀孕。此外，也可能是由于检查结果假阴性导致，可以再次进行复查。药流是采用米非司酮片加米索前列醇药物口服，使胚胎死亡，并排出子宫外。如果出现孕囊还在的情况，通常是药流失败导致，需要进行清宫手术，清除子宫内残留的蜕膜等组织。

1、清宫手术：如果清宫手术后宫腔内还有残留的组织物，如孕囊等，可能会出现此类情况，并且可能会出现阴道流血量增多、腹痛等症状。此时可以通过子宫收缩促进残留物排出，如遵医嘱口服益母草颗粒等，并且需密切关注阴道出血情况;

2、复查：患者进行超声检查后，如果没有残留，此时超声检查结果是子宫内膜回声不均，考虑为药流后宫腔内感染，可能是由于药流后同房、没有注意外阴清洁卫生等原因导致。如果患者出现分泌物异味、瘙痒、腹痛等症状，并且通过妇科检查发现宫颈口有脓性分泌物、子宫压痛等症状，可遵医嘱口服甲硝唑片、盐酸左氧氟沙星胶囊等抗生素治疗，之后复查超声检查即可;

3、药流后注意事项：患者在药流后也需要注意休息，并且加强营养，多吃富含蛋白质的食物，如牛奶、鸡蛋等，并且不要做重体力劳动。另外，还要保持外阴清洁卫生，勤换洗内裤，建议在药流一个月内避免同房，以免导致感染;

4、其他注意事项：如果患者出现阴道出血量增多、腹痛等症状，并且通过超声检查发现宫腔内有残留物，建议及时到医院进行清宫手术。